自2006年开始，应急医学研究院依托联合培养研究生机制，相继与天津医科大学、天津中医药大学、安徽医科大学、第二军医大学、军医进修学院、重庆理工大学、新乡医学院、辽宁医学院、徐州医学院等12所军地大学联合培养急诊医学、急救医学、社会医学与卫生事业管理、呼吸内科学、眼科学、神经外科学等专业的博士和硕士研究生。

从2009年开始，开设了救援医学组织管理、现场医学救治、卫生防疫、心理应激等研究生课程，招收救援医学相关方向研究生，并注重创新研究生教学方法，将理论教学与实战救援相结合，先后组织研究生参加地震、洪灾、火灾、交通事故、山体滑坡、社会安全等国内救援15批次，均出色完成任务，有效培养了研究生从灾害医疗救援实际需求出发开展课题研究的科研意识。

2013年开始自主招收应用经济学、临床医学、公共卫生与预防医学、军事后勤学4个专业方向的军内外研究生。积极与美国耶鲁大学纽黑文医院、英国剑桥大学公卫学院、澳大利亚昆士兰科技大学建立了研究生互访机制，增进学术交流，提高国外同领域知名度。

目前，已培养博士研究生8人，硕士研究生51人，进一步增强了国家和地方开展灾害医学救援工作的人才储备。